Niederneisen wurde erstmals im Jahr 790 in einer Urkunde von Karl des Großen unter dem Namen „Nasongae“ erwähnt. Es handelte sich um eine Schenkungsurkunde, laut derer Karl der Große Höfe an die Abtei Prüm.in der Eifel weitergab. Der Ort gehörte ab 1815 zum Amt Diez des Herzogtums Nassau, nachdem das Amt Flacht aufgelöst wurde. Nach der Angliederung an Preußen im Jahre 1866 wurde der Unterlahnkreis mit Diez als Kreisstadt eingerichtet. Seit dessen Auflösung gehört Niederneisen zum Rhein-Lahn-Kreis.

1859 wurde ein Gemeinde-Backhaus errichtet, das auch die Funktionen eines Rathauses übernahm und über einen Glockenturm verfügte. Heute wird das gesamte Gebäude als Rathaus genutzt.

1818 wurde in Niederneisen erstmals Schulunterricht erteilt, zunächst in Privathäusern.
1823 wurde das heute nicht mehr vorhandene Schulhaus fertiggestellt.
1925 entstand ein neues Schulgebäude, das bis 1975 für diesen Zweck genutzt wurde, zuletzt nur als Grundschule.

1926 wurde die Turnhalle errichtet, 1928 der Sportplatz eingeweiht

1934 nahm der erste Niederneisener Kindergarten seinen Betrieb auf.

Von 1898 bis 1977 gab es eine Molkerei im Ort.

1995 wurde das heutige Schulgebäude fertiggestellt und bezogen.

Seit 1945 hat sich die Einwohnerzahl von etwa 1000 auf heute rund 1.500 erhöht.

Eine sehr gute Ausarbeitung der Niederneisener Dorfgeschichte, finden Sie auf der Website regionalgeschichte.net.

Die Website regionalgeschichte.net ist ein Internetportal zur regionalen und lokalen Geschichte einzelner Regionen in den heutigen Bundesländern Rheinland-Pfalz und dem Saarland. In den regionalen Portalbereichen finden Sie historische Informationen zur Landes-, Regions- und Ortsgeschichte. Das Portal ist ein Projekt des Instituts für Geschichtliche Landeskunde an der Universität Mainz.

Die Ausarbeitung der Niederneisener Dorfgeschichte basiert weitestgehend auf der 1990 erschienen Ortschronik. Eine weitere Bearbeitung der Ortsgeschichte steht noch aus und wäre eine wünschenswerte Weiterführung.

Wer Interesse an einer Mitarbeit hat meldet sich bitte beim Ortsbürgermeister Armin Bendel.